本中心設主任一人，綜理中心業務，由校長聘任之，任期二年，得連任。目前本中心主任由本校光電工程系教授白益豪博士兼任，中心副主任由本校陳怡嘉教授、張文彥教授及蔡志宏教授擔任。本中心的營運將整合校內、外資源争取相關教學與研究計畫，例如﹕(1)教育部永續能源人才培育計畫(2)經濟部能源局相關計畫(3)其他研究單位合作計畫(工研院、經濟部中小企業處及經濟部工業局等)及(4)國際合作計畫等，希望國立東華大學在創新能源研究方面能有重大突破。